Noch bevor der Westfeldzug gegen Frankreich im Mai 1940 begann, kam es aus verschiedenen Gründen (unter anderem Sicherung von Rohstoffen, Vermeidung alliierter Besetzung Skandinaviens) während des sogenannten Unternehmens Weserübung im April 1940 zur Besetzung von Dänemark und Norwegen durch deutsche Truppen. Die Neutralität beider Staaten wurde zugesagt, weshalb der offizielle Einsatz ziviler Behörden nicht in Frage kam.
Der Zollgrenzschutz unterstand deswegen offiziell der Wehrmacht, wobei die Bezirkszollkommissariate die militärische Bezeichnung Küstenwachabteilung und die Grenzaufsichtsstellen die Bezeichnung Küstenwache bekamen. Der Zollgrenzschutz trug die übliche Uniform, ergänzt um eine gelbe Armbinde mit der Aufschrift Deutsche Wehrmacht (siehe Bild des Monats November 2010). Die Errichtung der Dienststellen fand zwischen dem 15. und dem 20.07.1940 statt. Neben den klassischen Zoll-Aufgaben war der ZGS auch im Flugmeldedienst, der Flugabwehr und der Seebeobachtung eingesetzt und arbeitete eng mit der Wehrmacht zusammen. Er wurde ferner in den Alarmplänen einer vermuteten alliierten Landung berücksichtigt und entsprechend ausgebildet. Organisatorisch unterstanden die Küstenwachabteilungen dem Hauptzollamt Husum, dienstlich der Kriegsmarine in Esbjerg.
Zuerst nur an der Westküste eingesetzt, beschloss die Wehrmacht am 01.04.1944, auch die dänisch-schwedische Grenze gegen den zunehmenden illegalen Verkehr zu sichern, weswegen der Zollgrenzschutz seine Tätigkeit nun offen verrichtete mit einer Befehlsstelle in Kopenhagen. Im Zuge der Unterstellung unter den Reichsführer SS wurden am November 1944 zahlreiche Dienststellenleiter durch Angehörige von Polizei und SS ersetzt.
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