Das Elsass war über Jahrhunderte zwischen dem Deutschen Reich und Frankreich umkämpft. Nach gut 600jähriger Zugehörigkeit zum Römisch-Deutschen Reich fiel es mit dem Westfälischen Frieden 1648 an Frankreich. Als Folge des Deutsch-Französischen Krieges gelangte das Elsass 1871 an das Deutsche Kaiserreich und nach dem Ersten Weltkrieg durch den Versailler Vertrag wieder an Frankreich. Im Mai 1940 wurde es von der Wehrmacht während des Westfeldzuges besetzt.
Zwar betrachtete die deutsche Regierung das Elsass als historisches deutsches Gebiet, laut Waffenstillstandsvertrag handelte es sich jedoch weiterhin um französisches Territorium, das vom Deutschen Reich nur besetzt war. Aus diesem Grund unterstand es formell einem deutschen Chef der Zivilverwaltung (CdZ Elsass), dem gleichzeitig als Gauleiter von Baden amtierenden Robert Wagner. Auch wenn das Elsass formell weiterhin Teil Frankreichs war, wurde es faktisch dem Gau Baden angegliedert und unterlag entgegen dem Besatzungsrecht einer offensiven Germanisierungs- und Assimilierungspolitik.

Schon im Mai 1940 begann das Reichsfinanzministerium mit dem Aufbau der Finanzverwaltung, die Bestandteil des Oberfinanzpräsidiums Baden wurde. Zudem führte es an den Grenzen zu Frankreich und der Schweiz eine rechtlich fragwürdige Zollgrenze ein. Der Zollgrenzschutz überwachte die Grenzen, was spätestens ab August 1942 aber nicht nur den Warenverkehr bzw. Schmuggel umfasste, sondern zunehmend auch die Flucht von Wehrpflichtigen. Wagner hatte im August 1942 die Wehrpflicht eingeführt, was zur Flucht tausender Elsässer ins unbesetzte Südfrankreich bzw. in die Schweiz führte. Hierbei kam es im Februar 1943 zum tragischen Drama von Ballersdorf, bei dem 1 Zollgrenzschützer und 17 Elsässer starben. Ende 1944 hatte der Zollgrenzschutz eine Stärke von ca. 3.200 Mann und etwa 200 Zollhunden.

In Mülhausen (franz. Mulhouse) siedelte sich im August 1944 die Sammelstelle des Zollgrenzschutzes Frankreich an, bei der die zurückkehrenden Dienststellen aufgefangen wurden. Als Folge des Stauffenberg-Attentats auf Adolf Hitler wurde der Zollgrenzschutz etwa im Herbst 1944 dem SS-Reichssicherheitshauptamt unterstellt. Aus dem im Elsass aufgefangenen Personal stellte man Ende 1944 im Elsass die Zollgrenzschutz-Bataillone Söllner und Stern auf, um die vorrückenden Alliierten aufzuhalten. Zeitgleich wandelte man die elsässischen Bezirkszollkommissariate Kompanien um.