Mit dem allgemeinen Rückzug im Westen und Osten wurde der Zollgrenzschutz in seiner Rolle als Finanzbehörde und Grenzschutz überflüssig. Aus den zurückströmenden Dienststellen wurden ab etwa Mitte 1944 zahlreiche Zollgrenzschutz-Bataillone gebildet, welche durchweg der Wehrmacht unterstanden. Zu diesem Zeitpunkt hatte der Zollgrenzschutz die jüngeren Jahrgänge längst an die Wehrmacht abgegeben und bestand überwiegend aus (Hilfs-)Personal der Jahrgänge vor 1900. Möglicherweise versprach man sich eine höhere Kampfkraft, wenn man die bestehenden Befehlsketten und Strukturen des Zolls beibehielt und die Dienststellen ledglich militärisch organisierte. Tatsächlich fehlte es jedoch an militärischer Erfahrung, Ausrüstung, Nachschub, schwerer und vor allem einheitlicher Bewaffung, auch die Überalterung der Einheiten stellte ein Problem dar. Deswegen wurden die Bataillone oft nur hinter der Front für Schanz- und Bewachungsaufgaben eingesetzt und hatten bei Fronteinsätzen hohe Verluste zu beklagen. Die Benennung scheint uneinhetlich und wechselnd gewesen zu sein. So ist z.B. die Rede von Zollgrenzschutz-, Grenzschutz- und Grenzsicherungsbataillonen. Ferner wurden Überlebende nach verlustreichen Gefechten teils in Wehrmachtseinheiten integriert.
| Bataillone | Kompanien | Sonstige | |
|---|---|---|---|
| • Bataillon 15 • Bataillon 63 • Bataillon Bayer • Bataillon Böhmen und Mähren • Bataillon Danzig • Bataillon Flensburg • Bataillon Grottkau O/S • Bataillon Grunewald • Bataillon Huber / HZA Tilsit • Bataillon Kostitz • Bataillon Krakau • Bataillon Lentschütz • Bataillon Lothringen |
• Bataillon Mehl • Bataillon Mähren (I-V) • Bataillon Moselland • Bataillon Oberrhein (I-XIV) • Bataillon Oberschlesien (I-IV) • Bataillon Ostpreußen • Bataillon Söllner • Bataillon Stern • Bataillon Pfetterhausen • Bataillon Prädel • Ersatz-Bataillon Ritschan • Bataillon Schröter • Bataillon Tarnow |
• Ersatz-Komp. Donaueschingen • Kompanie Fuchs • Kompanie Mallnitz • Ski-Kompanie Oberrhein • Kompanie Schrenk • Kompanie Traubendorf • Kompanie Tschenstochau • Kompanie Wendria |
• Regiment 3 • Regiment Galizien • Regiment Krakau • Zolleinheit Hamann |



